Pada tahun 2002, Munarman didaulat menjadi Ketua Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI) setelah YLBHI mengalami kekosongan kepemimpinan selama sembilan bulan.
Ditahun yang sama, Munarman menjadi anggota Tim Pengacara Abu Bakar Ba'asyir.
Selesainya mendampingi Ba'asyir, Munarman mulai dekat dengan Hizbut Tahrir Indonesia (HTI). Dari HTI, Munarman kemudian mengenal sejumlah tokoh, termasuk Ketua FPI Rizieq Shihab.
Perjalanan Munarman di Ibukota tidak berjalan mulus. Hal tersebut dibuktikan dengan adanya beberapa kasus melawan hukum.
Pada tahun 2007, Munarman pernah masuk penjara di Depok, karena dianggap menyerang seseorang, dan kepemilikan senjata api serta bahan peledak ilegal.
Di tahun 2013, Munarman juga pernah mempertontonkan aksi kurang baiknya dengan menyiramkan secangkir teh ke wajah sosiolog dari Universitas Indonesia Tamrin Amal Tomagola dalam acara talkshow disalah satu stasiun tv swasta.
Di tahun 2015, beredar foto Munarman di media sosial yang ikut serta menghadiri kegiatan sumpah setia (baiat) kepada ISIS.
Penangkapan Munarman pada Selasa, 27 April 2021 ditengarai karena keterlibatannya pada kegiatan pembaiatan di Makassar 2015 lalu.