Sepulangnya dari Manila, Karma melihat Jawa dibanjiri unjuk rasa melawan Presiden Soeharto. Ia terlibat dalam pergerakan tersebut dan mulai mengangkat isu pemisahan Papua dari Indonesia.
Pada tanggal 2 Juli 1998, ia memimpin upacara pengibaran bendera Papua Barat di Biak. Para aktivisnya terlibat rusuh dengan polisi dan mencederai beberapa polisi. Militer Indonesia menduduki Pulau Biak empat hari kemudian dan menembaki aktivis.
***