Boris kabur ketika mereka bertiga hendak berpapasan, hal ini hingga menaruh kecurigaan Agent J, ditambah merasa ada yang dirahasiakan ketika menanyakan ke Agent K tentang Boris.
Lantas, Agent J pergi ke markas MIB untuk mencari informasi tentang Boris, namun dia dihadang oleh rekan yang bertugas, hal ini semakin menumpuk penasaran Agent J.
Agent J dibuat terkejut, karena keesokan harinya ia menemukan fakta sebenarnya, Agent K telah terbunuh oleh Boris pada tahun 1969 silam.
Dari situ, Agent J berusaha menyelamatkan rekannya di MIB dengan melakukan perjalanan ke masa lalu, menyelamatkan Agent J, dan mengalahkan Boris.
Sehingga Agent J harus melakukan perjalanan waktu ke masa lalu, untuk mengalahkan Boris dan demi menyelamatkan temannya, Agent K.***