Kedua korporasi ini diduga mendapat keuntungan sejumlah Rp94,58 miliar yang berisiko tidak dapat dikembalikan ke Negara jika korporasi tidak diproses.
Dugaan penyimpangan secara umum adalah dengan cara: (1) penunjukan langsung, (2) Nindya Sejati Joint Operation sejak awal diarahkan sebagai pemenang pelaksana pembangunan, (3) rekayasa dalam penyusunan HPS dan penggelembungan harga (markup), (4) pekerjaan utama disubkontrakkan kepada PT Budi Perkara Alam (BPA) dan adanya kesalahan prosedur seperti izin amdal belum ada tapi tetap dilakukan pembangunan.
Diduga laba yang diterima PT Nindya Karya dan PT Tuah Sejati dari proyek tahun jamak ini adalah sebesar Rp94,58 miliar, yaitu PT Nindya Karya sekitar Rp44,68 miliar dan PT Tuah Sejati sekitar Rp49,9 miliar.
KPK telah melakukan pemblokiran rekening terhadap PT Nindya Karya yang diduga menerima uang tersebut.
Sementara itu, untuk PT Tuah Sejati, sudah disita aset berupa SPBN dan SPBN (untuk nelayan) senilai Rp12 miliar.***