Di Akademi Angkatan Laut, Yudo menjabati beberapa jabatan sebagai berikut:
- Asisten Perwira Divisi (Aspadiv) Senjata Artileri Rudal di KRI YNS 332 (1998)
- Kadep Ops KRI Ki Hajar Dewantara 364
- Palaksa KRI Fatahilla 361
- Komandan KRI Pandrog 801
- Komandan KRI Sutanto 877
- Komandan KRI Ahmad Yani 351
- Komandan Lanal Tual 2004-2008
- Kommandan Lanal Sorong 2008-2010