Setelah keluar dari Kemiliteran, Edhy sempat berkenalan dengan Prabowo Subianto saat masih berpangkat letnan kolonel.
Sejak saat itu Edhy menjadi salah satu orang dekat dan kepercayaan Prabowo. Pada 1997, Edhy berkuliah di Fakultas Ekonomi Universitas Moestopo atas bantuan dari Prabowo. Ia juga sempat meneruskan kuliah di Swiss-German University.
Baca Juga: Menteri KKP Edhy Prabowo Terjaring OTT, 5 Orang Dibawa ke Kantor KPK
Ia mulai aktif berorganisasi di Himpunan Kerukunan Tani Indonesia (HKTI) pada 2005 dan menjabat sebagai Ketua Bidang Pendidikan dan Pelatihan HKTI pada 2007.***